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對(duì)病原體測(cè)序以支持動(dòng)物疾病控制

Michael Madsen

2019年,禽流感大暴發(fā)襲擊了納米比亞瀕危非洲企鵝群體。原子能機(jī)構(gòu)-糧農(nóng)組織的測(cè)序服務(wù)成功幫助將該疫情定性為H5N8毒株。(圖/Freepik.com)

2019年,口蹄疫暴發(fā),而疫苗無效,使摩洛哥無數(shù)的牛、綿羊、豬、山羊和其他蹄類家畜處于危險(xiǎn)之中??谔阋呤蔷哂懈叨葌魅拘缘牟《拘约膊。芨腥緞?dòng)物會(huì)發(fā)燒、口蹄上出水泡,可能導(dǎo)致跛行和其他癥狀,使動(dòng)物不適合食用,給農(nóng)民造成損失。原子能機(jī)構(gòu)與糧農(nóng)組織合作,支持地方當(dāng)局建設(shè)先進(jìn)分子技術(shù)能力,通過開展基因比較分析,選擇了一種不同的疫苗,成功結(jié)束了疫情。

諸如導(dǎo)致口蹄疫之類病毒,正在不斷演變?yōu)樾碌姆N類和毒株。疫苗是控制病毒暴發(fā)的有效方案,但特定的疫苗只對(duì)特定的病毒株有效。了解一種病毒的基因組對(duì)于確定最佳疫苗至關(guān)重要。

保護(hù)摩洛哥蹄類動(dòng)物的工作在疫情暴發(fā)前兩年就開始了,當(dāng)時(shí)卡薩布蘭卡國(guó)家食品安全辦公室的工作人員通過原子能機(jī)構(gòu)的技術(shù)合作計(jì)劃接受了培訓(xùn),內(nèi)容包括識(shí)別和描述疾病病原體以及指導(dǎo)控制和應(yīng)對(duì)措施。這只是2017年原子能機(jī)構(gòu)-糧農(nóng)組織基因測(cè)序服務(wù)建立以來開展的許多培訓(xùn)舉措之一。目前,這項(xiàng)服務(wù)所提供的支持橫跨了亞非拉,為那里的專家使用和了解最新的病原體表征分析技術(shù)提供了幫助。

“描述病原體特征和了解動(dòng)物疾病和人畜共患疾病的起源對(duì)于制定有效的疾病應(yīng)對(duì)措施至關(guān)重要?!奔Z農(nóng)組織/原子能機(jī)構(gòu)糧農(nóng)核技術(shù)聯(lián)合中心動(dòng)物健康技術(shù)官員Ivancho Naletoski說。Naletoski一直在帶頭提供測(cè)序服務(wù),為全球科學(xué)家構(gòu)建動(dòng)物疾病和人畜共患疾病系統(tǒng)發(fā)育樹培訓(xùn)提供支持。

系統(tǒng)發(fā)育樹是說明一種生物體進(jìn)化過程的分支圖,有助于科學(xué)家了解一種病毒的不同暴發(fā)之間的關(guān)系并確定其來源或起源。Naletoski說,系統(tǒng)發(fā)育樹和深入的遺傳分析,有利于當(dāng)局做出正確選擇,使病原體得到控制。“對(duì)于決策者而言,掌握試圖解決的病毒的準(zhǔn)確基因概況非常重要。這些數(shù)據(jù)可以幫助各國(guó)在選擇疫苗時(shí)節(jié)省時(shí)間和費(fèi)用。因此,對(duì)我們的服務(wù)需求越來越大?!?/p>

支持網(wǎng)絡(luò)

迄今,原子能機(jī)構(gòu)-糧農(nóng)組織的測(cè)序服務(wù)已收到54種不同動(dòng)物疾?。ㄈ缈谔阋吆头侵挢i瘟)和人畜共患疾?。ㄈ缈袢 ⒉剪斒暇『土压葻幔┑?200多份樣本和序列。為測(cè)序服務(wù)網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫(kù)作出貢獻(xiàn)的科學(xué)家來自世界各地的25個(gè)實(shí)驗(yàn)室,并依靠該服務(wù)進(jìn)行基因測(cè)序。

“基因測(cè)序儀的購(gòu)買和維護(hù)可能非常昂貴。對(duì)于那些工作量處理非常大的實(shí)驗(yàn)室來說,購(gòu)買一臺(tái)儀器是有意義的,但對(duì)于大多數(shù)國(guó)家的實(shí)驗(yàn)室來說,這是不劃算的?!盢aletoski說:“我們正在通過提供資源,與成熟的測(cè)序公司合作,幫助較貧窮國(guó)家的小型實(shí)驗(yàn)室減少資本投資并獲得與他們利用當(dāng)?shù)販y(cè)序硬件所獲得的一樣的信息。”

測(cè)序服務(wù)為網(wǎng)絡(luò)中的科學(xué)家提供試劑和培訓(xùn),指導(dǎo)他們?nèi)绾尾杉哔|(zhì)量樣本并準(zhǔn)備測(cè)序,以及如何進(jìn)行原始數(shù)據(jù)處理和系統(tǒng)發(fā)育分析。這項(xiàng)服務(wù)還有助于協(xié)調(diào)和支付由專門商業(yè)測(cè)序?qū)嶒?yàn)室進(jìn)行測(cè)序的樣本。因此,這項(xiàng)服務(wù)對(duì)于參與的動(dòng)物生產(chǎn)和健康實(shí)驗(yàn)室而言是公益服務(wù)。

“由于實(shí)際測(cè)序由第三方進(jìn)行,因此我們的重點(diǎn)是幫助實(shí)驗(yàn)室正確準(zhǔn)備樣本和解釋結(jié)果。為此,我們已制定分步走的綜合指南,并且在大流行病之前,在世界各地組織了培訓(xùn)活動(dòng)。”Naletoski解釋說,并強(qiáng)調(diào)培訓(xùn)期望用戶掌握這項(xiàng)服務(wù)和樣品準(zhǔn)備流程,從而培訓(xùn)新的參與者。

溫得和克發(fā)現(xiàn)新病毒

納米比亞大學(xué)高級(jí)講師UmbertoMolini是原子能機(jī)構(gòu)-糧農(nóng)組織測(cè)序服務(wù)的多產(chǎn)用戶和支持者。早在2016年,Molini和溫得和克中央獸醫(yī)實(shí)驗(yàn)室就成為這項(xiàng)測(cè)序服務(wù)的首批用戶。Molini說,在過去的五年里,測(cè)序服務(wù)不僅幫助納米比亞當(dāng)局更好地了解了在納米比亞牲畜和活動(dòng)中流行的已知病毒的起源和不同毒株,而且還發(fā)現(xiàn)了該國(guó)未發(fā)現(xiàn)的病毒。

“我們?cè)诩邑i和疣豬身上發(fā)現(xiàn)了豬圓環(huán)病毒2型,在牛和羚羊身上發(fā)現(xiàn)了D型流感病毒。令人驚訝的是,我們甚至在企鵝身上發(fā)現(xiàn)了禽流感?!盡olini說。2019年,禽流感大暴發(fā)首次襲擊了納米比亞瀕危非洲企鵝群體。借助這項(xiàng)服務(wù),Molini成功將這次暴發(fā)隔離并定性為H5N8毒株。

Molini說:“這次暴發(fā)導(dǎo)致大約500只企鵝死亡,但在確定了病毒及其毒株后,我們最終確定了所需采取的適當(dāng)和必要工作,以阻止病毒向家禽傳播?!?/p>

雖然H5N8很可能是從遷徙鳥類帶到納米比亞的,但疫情并不總是來自野外。2018年,傳染性喉氣管炎暴發(fā)影響了納米比亞家禽養(yǎng)殖場(chǎng)的雞。通過測(cè)序服務(wù),Molini發(fā)現(xiàn)這次暴發(fā)與一種疫苗的不當(dāng)使用有關(guān),因此能夠很容易采取措施阻止病毒傳播?!盎驕y(cè)序是防治疾病的一個(gè)強(qiáng)大而有洞察力的工具。如果更多國(guó)家能夠獲得并學(xué)會(huì)如何使用測(cè)序,社會(huì)就會(huì)更好地阻止未來疾病的暴發(fā)?!彼f。

2021.09
Vol. 62-3

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