該部的主要職責是管理和實施原子能機構保障。該司還通過對與相關協(xié)定和安排有關的核查和其他技術援助請求作出回應，促進核軍控和裁軍。

業(yè)務處

該部設有三個業(yè)務處和伊朗核查辦公室，在對有生效的保障協(xié)定國家進行以下核查中發(fā)揮著關鍵作用：不存在已申報核材料從和平核活動中轉用的情況，且在整個國家中不存在未申報的核材料或核活動的跡象。各處負責在不同的地理區(qū)域實施保障：

• 業(yè)務一處——澳大拉西亞和東亞
• 業(yè)務二處——中東、南亞、非洲、一些非歐盟的歐洲國家和美洲
• 業(yè)務三處——歐洲、俄羅斯聯(lián)邦和中亞
• 伊朗核查辦公室

各處對照根據(jù)相關的“保障協(xié)定”和“附加議定書”（酌情）開展的原子能機構核查活動的結果以及原子能機構獲得的所有其他保障相關資料，對各國已申報核計劃的一致性進行評價。特別是，各處根據(jù)原子能機構獲得的有關一國核活動和核相關活動的所有資料，進行全面國家評價。

概念和規(guī)劃處

該處制定對核材料、核設施和核活動實施保障的概念、方案和方法；擬訂保障政策和導則文件；協(xié)助業(yè)務處處理保障執(zhí)行問題；為咨詢和決策機構提供支持。該處還為保障司進行戰(zhàn)略規(guī)劃，協(xié)調(diào)研究和發(fā)展活動，包括管理成員國支助計劃。該處還通過培訓、咨詢工作組訪問和導則文件向成員國的人員提供援助。

信息管理處

該處的核心任務是運作和開發(fā)一個專業(yè)信息分析員和數(shù)據(jù)處理專家?guī)欤⒔邮?、處理和分析衡算?shù)據(jù)和附加議定書聲明。該處評價物料平衡以及核材料、非核材料和環(huán)境樣品的分析結果，并提供其他統(tǒng)計支持。該處還收集、處理和分析科學、技術和政治文獻以及地理空間信息，開發(fā)和實施新的信息收集、處理和分析的技術和方法。

技術和科學服務處

該處向各業(yè)務處提供科學和技術支持。這包括保障設備的設計、開發(fā)、測試、校準、安裝和維護；設備的性能和污染監(jiān)測；視察的后勤工作。

保障分析服務辦公室

該辦公室負責分析核材料和環(huán)境擦拭樣品，提供相關的取樣和質(zhì)量控制材料，協(xié)調(diào)樣品運輸物流以及與分析實驗室網(wǎng)絡中成員國機構的合作。該辦公室由各保障分析實驗室組成，其中包括環(huán)境樣品實驗室和核材料實驗室，還有一個位于日本六所村的現(xiàn)場實驗室。該辦公室還包括一個協(xié)調(diào)和支助科，負責規(guī)劃、協(xié)調(diào)和報告分析實驗室網(wǎng)絡提供的分析結果；輻射防護；質(zhì)量管理；培訓和其他技術支持。

信息和通信系統(tǒng)辦公室

在保障司內(nèi)，信息和通信系統(tǒng)辦公室是為支持保障司規(guī)范、開發(fā)和維護信息和通信技術系統(tǒng)以及管理所有信息和通信技術基礎設施和服務的能力中心。