Выделяются две основные категории фундаментальных ядерных данных: данные о структуре и распаде ядра и данные по ядерным реакциям. Секция ядерных данных отвечает за предоставление точных и достоверных ядерных данных для энергетических и неэнергетических применений. Секция собирает, оценивает и рекомендует к использованию конкретные ядерные данные; в ее ведении находятся несколько баз данных и вся связанная с ними поисковая инфраструктура.

МАГАТЭ предоставляет также данные, касающиеся процессов атомного и молекулярного взаимодействия и взаимодействия плазма-материал, для исследований и технологических разработок в области термоядерной энергии. Атомные процессы имеют определяющее значение для диагностики плазмы в термоядерных устройствах и переноса энергии в плазме. Секция формирует, оценивает и распространяет фундаментальные данные этой категории.