聯(lián)合中心及其相關(guān)實驗室通過糧農(nóng)組織和原子能機構(gòu)的總干事簽署的正式安排進行運作。計劃和預(yù)算經(jīng)由糧農(nóng)組織和原子能機構(gòu)的理事機構(gòu)核準(zhǔn)，規(guī)劃在與成員國和兩個組織的其他分支機構(gòu)的密切磋商和合作下進行。聯(lián)合中心確保在與成員國的聯(lián)合活動中充分利用這兩個組織的技術(shù)能力。

聯(lián)合中心的工作以糧農(nóng)組織和原子能機構(gòu)的兩年期計劃為基礎(chǔ)，以需求驅(qū)動的成果型方案為導(dǎo)向，并由其理事機構(gòu)通過。聯(lián)合計劃按照兩個組織的計劃結(jié)構(gòu)和執(zhí)行方式進行組織。

聯(lián)合中心及其計劃的費用由兩個組織以兩位總干事商定的方式承擔(dān)。工作由糧農(nóng)組織和原子能機構(gòu)的成員國分?jǐn)傤A(yù)算和預(yù)算外資金提供資金。

由兩個組織高級管理層代表組成的指導(dǎo)委員會對聯(lián)合中心提供總體指導(dǎo)，通過指導(dǎo)委員會討論計劃編制、預(yù)算編制、組織結(jié)構(gòu)和人事問題，以及向兩個組織總干事提出的適當(dāng)建議。

聯(lián)合中心擁有大約100名科學(xué)家、技術(shù)專家和和輔助人員，分配在各辦公室、科室和實驗室開展工作。聯(lián)合中心中的糧食組織和原子能機構(gòu)工作人員辦公駐地都在原子能機構(gòu)總部和實驗室，為兩個組織工作。聯(lián)合中心還接納來自成員國的顧問、免費專家、進修人員、實習(xí)生和學(xué)生，提供在維也納或在糧農(nóng)組織/原子能機構(gòu)塞伯斯多夫?qū)嶒炇?/a>工作、開展研究或?qū)W習(xí)新技術(shù)的機會，他們?nèi)缓罂梢詫W(xué)成回國進行驗證、改造和應(yīng)用。