聯(lián)合中心及其相關實驗室通過糧農(nóng)組織和原子能機構的總干事簽署的正式安排進行運作。計劃和預算經(jīng)由糧農(nóng)組織和原子能機構的理事機構核準，規(guī)劃在與成員國和兩個組織的其他分支機構的密切磋商和合作下進行。聯(lián)合中心確保在與成員國的聯(lián)合活動中充分利用這兩個組織的技術能力。

聯(lián)合中心的工作以糧農(nóng)組織和原子能機構的兩年期計劃為基礎，以需求驅動的成果型方案為導向，并由其理事機構通過。聯(lián)合計劃按照兩個組織的計劃結構和執(zhí)行方式進行組織。

聯(lián)合中心及其計劃的費用由兩個組織以兩位總干事商定的方式承擔。工作由糧農(nóng)組織和原子能機構的成員國分攤預算和預算外資金提供資金。

由兩個組織高級管理層代表組成的指導委員會對聯(lián)合中心提供總體指導，通過指導委員會討論計劃編制、預算編制、組織結構和人事問題，以及向兩個組織總干事提出的適當建議。

聯(lián)合中心擁有大約100名科學家、技術專家和和輔助人員，分配在各辦公室、科室和實驗室開展工作。聯(lián)合中心中的糧食組織和原子能機構工作人員辦公駐地都在原子能機構總部和實驗室，為兩個組織工作。聯(lián)合中心還接納來自成員國的顧問、免費專家、進修人員、實習生和學生，提供在維也納或在糧農(nóng)組織/原子能機構塞伯斯多夫實驗室工作、開展研究或學習新技術的機會，他們?nèi)缓罂梢詫W成回國進行驗證、改造和應用。