與歐洲各機構(gòu)的合作始于2003年，當時歐洲共同體和聯(lián)合國簽署了“財政和管理框架協(xié)議”。2004年，原子能機構(gòu)和歐洲共同體簽署了一項支持原子能機構(gòu)核安保計劃活動的捐款協(xié)定；2005年，原子能機構(gòu)和歐盟委員會就核安全領(lǐng)域的一個項目簽署了第一份捐款協(xié)定。 自那以后，原子能機構(gòu)和歐盟委員會一起致力于實施滿足原子能機構(gòu)成員國在核安全領(lǐng)域發(fā)展需要以及加強全世界核安保的項目。核安全項目涉及輻射防護、放射性廢物的安全管理、環(huán)境治理、退役、核安全文化以及應(yīng)急準備和響應(yīng)等領(lǐng)域。核安保的項目包括普遍加入和實施 《核材料實物保護公約》 及其修訂案、核設(shè)施的實物保護、與脫離監(jiān)管控制的材料有關(guān)的活動、計算機安全、教育和培訓以及制訂新的原子能機構(gòu)“核安保導則”。 原子能機構(gòu)和歐盟委員會于2013年通過一份關(guān)于核安全領(lǐng)域合作的“諒解備忘錄”確認了雙方的合作，并于2017年延長了其期限，又于2021年將其展期了18個月。“諒解備忘錄”概述了合作伙伴進一步加強合作的意向，特別是在教育和培訓、研究和發(fā)展以及能力建設(shè)方面。根據(jù)“諒解備忘錄”開展的合作使原子能機構(gòu)和歐盟委員會能夠更有效地開展工作，以加強全球核安全和輻射安全。

2009年，與歐盟委員會和聯(lián)合研究中心代表的歐洲原子能聯(lián)營簽署了“實際安排”，其中包括合作加強放射性粒子的環(huán)境行為和放射化學領(lǐng)域的分析技術(shù)相關(guān)研究方面的關(guān)系；另一項安排側(cè)重于核安全、核技術(shù)和能源規(guī)劃問題方面的科技合作。 2012年，原子能機構(gòu)環(huán)境實驗室和聯(lián)合研究中心參考材料與測量研究所締結(jié)了“實際安排”，旨在加強執(zhí)行有關(guān)化學測量的ISO/IEC-17025號標準方面的合作，以支持環(huán)境質(zhì)量標準并交流分析測量領(lǐng)域的經(jīng)驗和信息。 同樣在2013年，原子能機構(gòu)和歐盟委員會簽署了關(guān)于核安保技術(shù)問題方面合作的“實際安排”。這些安排使信息共享成為可能，并提供了框架以在東南亞共同實施核材料和放射源的核安保行動。 此外，2017年，原子能機構(gòu)和歐盟委員會簽署了《關(guān)于核科學應(yīng)用合作的實際安排》，并審查了兩個機構(gòu)之間特別是通過歐盟委員會聯(lián)合研究中心開展聯(lián)合活動與合作的可能性，以期最大程度地利用核科學應(yīng)用對歐盟和原子能機構(gòu)成員國的益處。