長(zhǎng)期以來(lái)，在植物突變育種中檢測(cè)新的誘發(fā)突變是一個(gè)重大挑戰(zhàn)。突變事件發(fā)生在如此低的頻率，以至于檢測(cè)有用的突變需要產(chǎn)生非常大的突變種群。生產(chǎn)、處理和分析經(jīng)常有數(shù)千個(gè)單株的突變種群是一項(xiàng)大的工作。從眾多的突變植物中鑒定和選擇那些由于突變而產(chǎn)生了新的理想特性的罕見(jiàn)情況，經(jīng)常被認(rèn)為是突變育種真正的“藝術(shù)”。

原子能機(jī)構(gòu)與糧農(nóng)組織聯(lián)合加強(qiáng)成員國(guó)提高所需篩選方法的效率的能力，從而加速農(nóng)作物突變品系向農(nóng)民可使用的商用品種的發(fā)展。

鑒定和選擇具有改良性狀的突變植物的過(guò)程涉及兩個(gè)主要步驟：突變篩選和確認(rèn)（也稱為突變驗(yàn)證）。由于植物首先被馴化，通過(guò)可見(jiàn)特征（表型）進(jìn)行篩選一直是用于選擇改良作物的植物育種中最常用的方法。篩選方案，例如水培方法（使用無(wú)土壤營(yíng)養(yǎng)液培育植物的方法）中的耐鹽性，耐旱性篩選方法或疾病篩選方案，是突變表型檢測(cè)的有效方法。

一個(gè)這樣的工具是基因型篩選，通過(guò)使用生物測(cè)定法（一種科學(xué)實(shí)驗(yàn)）檢查個(gè)體的DNA序列，并將其與另一個(gè)個(gè)體的序列或參考序列進(jìn)行比較來(lái)確定個(gè)體植物的遺傳構(gòu)成（基因型）的差異。使用這個(gè)工具，可以識(shí)別與感興趣的特征相關(guān)并且繼承的變體。

高通量突變檢測(cè)技術(shù)（如全基因組測(cè)序）的最新突破已經(jīng)提高了識(shí)別產(chǎn)生新特征的DNA變化的效率。由此，可以開發(fā)分子標(biāo)記，幫助育種者加速將期望性狀并入其他商業(yè)品種的過(guò)程。用于篩選誘發(fā)的DNA缺失的其他有效的高通量方法包括反向遺傳技術(shù)，例如TILLING（靶向誘發(fā)的基因組局部病變），其允許直接鑒定特定基因中的突變。